到了宋代，尤其是南宋时期，以程颢、程颐、朱熹为代表的“程朱理学”逐渐崛起，并在明清时期成为官方意识形态。程朱理学将孔孟儒学的“道德伦理”推向了极端，提出了“存天理，灭人欲”的口号——他们将“天理”定义为抽象的道德原则，认为“人欲”是一切罪恶的根源，主张通过压抑个人欲望来实现“天理”的要求。这种思想，彻底背离了孔孟儒学的现实关怀，将儒学变成了一种僵化、教条的“道学”。 更重要的是，程朱理学在成为官方意识形态后，逐渐异化为统治阶级维护自身利益的工具，利益集团可以用“道德圣人”的标准要求别人，却用“双重标准”对待自己——他们在口头上高谈“仁义道德”，标榜“存天理，灭人欲”，但在实际行动中却往往“阳奉阴违”：包括朱熹在内的道学家表面上反对“人欲”，自己却纳妾若干；有的道学家鼓吹“廉洁奉公”，暗地里却大肆贪污受贿；更有甚者，将“程朱理学”作为排除异己的工具……最终，在“阳为道学、阴为富贵”中，将民族国家带入“明末”的万劫不复。
