2004至2005年，俄罗斯老帅瓦列里·涅波姆尼亚奇顶替下课的贾秀全，成为申花新帅。此前他曾执教沈阳海狮、山东鲁能，对中国足球颇为熟悉，却未能拯救深陷泥潭的申花。上任首战，申花3-2力克上海国际赢下德比，可随后八轮联赛无一胜绩，最终球队位列中超第10（倒数第三），创下队史最差战绩。2005年留任后，涅波带队重整旗鼓，斩获联赛亚军。该赛季，他安排前锋马丁内斯改踢左前卫，限制了其发挥，马丁内斯直言：“教练把我放在那个位置，就是想让人看到我不行，好把我赶走，这肯定是他的本意。” 2007年申联合并后，原联城主帅奥斯瓦多·吉梅内斯取代吴金贵，成为新申花主教练。这位乌拉圭教头深谙中国俱乐部生存之道，对高层、球员、媒体始终笑脸相迎，可处于磨合期的球队成绩平平。客场0-3不敌青岛中能后，申花排名跌至联赛第六，吉梅内斯退居二线担任顾问，吴金贵重新执掌帅印，球队最终位列中超第四。如今，吉梅内斯重回申花出任总经理，谈及是否会再度执教，他明确表态：“我现在的职务是申花总经理，有自己的工作范畴，球队每个人都清楚自身职责。”
