金陵大学和南京大学原来是不同的两所学校，院系调整金陵大学被撤销了，并入了南京大学。 金陵大学文理农三院嵯峨之一的农学院和南京大学农学院组建了南京农学院（南京农业大学），还有像林学系组建了南京林学院（南京林业大学）。南京工学院（东南大学）也有部分来自金陵大学。例如，倪尚达，以前在南京大学（中央大学）时是《国风》科学主持人，但院系调整前是金陵大学教授。 金陵大学和南京大学（中央大学）有对立，也有密切关系。例如，金陵大学被称为美国摇篮、美国在中国之摇篮，中央大学被称为民族堡垒、华夏民族文明堡垒。两江师范学堂、金陵大学堂校名铭字的题写者都是两江师范学堂校长李梅庵。
