氨基酸对频率分析（aa-pair-analysis）

首次使用：环境初始化

首次调用本 skill 前，先运行初始化脚本，自动检测并安装所有依赖：

bash skills/aa-pair-analysis/scripts/setup.sh

脚本会依次检查并安装：

> 如果环境已配置好，跳过此步骤直接运行分析即可。

联合分析（与关键片段预测联动）

当同时需要氨基酸对频率分析 + 蛋白质关键片段预测时，使用联合分析包装器，MSA 只执行一次，并自动生成单体配方投料表。

cd skills/aa-pair-analysis

# 联合分析（自动整合 + 自动生成投料表）
python scripts/run_combined_analysis.py 任务名 数据目录

工作流：

1. 共享 MSA（clustalo，缓存复用）
2. aa-pair 分析（跳过已比对物种）
3. 关键片段预测（跳过已完成物种）
4. 整合物种结果（按物种合并两份分析结果）
5. 自动生成单体配方投料表 Word 文档

单体配方投料表生成

联合分析完成后自动调用：

python scripts/gen_monomer_formulation_table.py 整合结果目录

投料规则（2026-05-11 更新）：

• 单体总浓度：1.0 M
• 最终总体积：1.5 mL
• DMSO：根据单体总投料量动态补全至 1.5 mL
• 总摩尔数 = 1.0 M × 0.0015 L = 1.5 mmol
• 各单体按 φ 值比例分配 1.5 mmol
• 引发剂 2-oxoglutaric acid：3.75 mg（MW 146.10）
• 交联剂：不使用

单体对照：

输出：横向A4 Word 文档，按分类分表，含斑马纹。

核心文件

• 分析脚本（完整流程）: scripts/species_analysis_workflow.py（FASTA→MSA→结果）
• 联合分析包装器: scripts/run_combined_analysis.py（MSA共享 + 自动整合 + 自动投料表）
• 投料表生成器: scripts/gen_monomer_formulation_table.py（Word文档生成）
• 结果整合工具: scripts/integrate_species_results.py（按物种合并两份分析结果）
• 方法详情: references/method.md
• 氨基酸分类: references/classification.md

快速运行

cd skills/aa-pair-analysis

# 从原始FASTA完整流程（MSA→共识→对分析）
python scripts/species_analysis_workflow.py 任务名 数据目录 --threshold 0.5

# 断点续传
python scripts/species_analysis_workflow.py 任务名 数据目录 --resume 已有结果目录

关键参数

输出文件

氨基酸分类（固定，不可更改）

详见 references/classification.md。

参与统计（17种）：Hydrophobic(V,L,I,M) / Nucleophilic(S,T,C) / Aromatic(F,Y,W) / Amide(N,Q) / Acidic(D,E) / Cationic(H,K,R)

排除（不统计）：X、A（丙氨酸）、G（甘氨酸）、P（脯氨酸）

计数方法（已验证，不可更改）

1. 剔除共识序列中所有 X/A/G/P，直接拼接为新序列
2. 统计新序列所有相邻对（有方向）
3. 合并对称对（N-H + H-N → H-N）得21种无向对型
4. 按计数排名选Top5

修改分析参数时的注意事项

• 修改氨基酸分类：同步更新 scripts/run_pdf_analysis.py 和 scripts/species_analysis_workflow.py 中的 FUNCTIONAL_CLASSES 字典
• 修改阈值：使用 --threshold 参数，无需改代码
• 修改计数方法：Step3（过滤拼接）和Step5（对称合并）需同步修改两个脚本