1937年，在南京被国民党关押了4年多的陈独秀被放了出来，得知国共已经合作，想到被国民党杀害的两个儿子，心中五味杂陈，想重回党内，在收到一人的答复后，抱憾终生。 1932年10月15日，陈独秀在上海租界被捕，这是他第五次被捕。前四次分别为1919年北京、1921年和1922年上海两次、以及早期反袁活动。国民党视其为要犯，押解南京审讯。1933年4月公审三次，陈独秀在法庭上陈述政治主张，指责国民党独裁。章士钊义务辩护，但陈声明辩护为其个人意见，以自己文件为准。初判13年，上诉减为8年。1934年8月移监南京老虎桥监狱服刑。狱中阅读经史子集，研究文字学，发表《实庵字说》、《古音阴阳入互用例表》等。还写政论文，在《东方杂志》刊登。狱中生活相对优待，有书架，允许会客。心脏病和静脉炎加重。1937年七七事变后，国民党为抗战释放政治犯。8月21日司法院呈文减刑为3年，已服满。8月23日出狱，由胡适、张伯苓具保。出狱后拒国民党拉拢，包括国防参议会席位和十万元经费组织新党。斥责蒋介石杀其同志和儿子，不共戴天。 出狱后，陈独秀停留南京半月，拒绝中统局和周佛海低调俱乐部邀请。9月9日乘船赴武汉，投身抗战。武汉期间，与中共代表接触，表达回党意愿。罗汉代表他与叶剑英、博古、李克农、林伯渠洽谈。中共中央复电提出三条件：放弃托派并公开声明、拥护统一战线、在行动中证明诚意。陈对后两条同意，对第一条不愿书面检讨，认为入狱后已脱离托派。1937年11月王明从苏联回延安，反对与托派合作，称可与蒋介石合作但不与陈独秀。12月政治局会议，王明发言强化此立场。态度传回，陈独秀回归受阻。王明推动反托运动，诬陈为汉奸。陈独秀在武汉尝试与第三党、救国会接触，组织联合战线，争取民主，但很快流产。还试图与国民党军队何基沣部合作发展力量，未果。这些活动给中共留下另起炉灶印象。 1938年武汉沦陷前，陈独秀移居重庆江津鹤山坪石墙院，与潘兰珍相依。住房简陋，四壁漏雨，地面泥土。生活贫困，靠友人资助。杨鹏升为其北大旧生，任国民党军职，先后寄钱4500元，两人通信40余封。1942年4月陈写最后信表达愧疚。国民党多次资助，朱家骅赠5000元支票，陈拒收，后托张国焘、郑学稼转赠，皆退回。蒋介石欲请任劳动部长，陈斥为异想天开。1941年米价上涨，买不起粮食，写诗借贯休比喻清苦。朱蕴山探望，送鸭子，见胃病发作。肠胃病和高血压恶化，仍写诗鼓励少年努力。拒绝中共条件后，不再参与政治，专注著述。批判斯大林极权，反思苏联模式缺陷。认为民主政治才能救中国，放弃马克思主义。1940年起写信和文，剖析苏联党狱，称无产阶级专政成官僚专政。 陈独秀晚年著述包括《最后见解》，收集1940至1942年文章和信件。强调民主不止选举，还需言论出版自由。批判托派和共产国际政策，认为中国托派不同于苏联。狱中已反思，出狱后更明确反对极权。江津时期，贫病交加，靠变卖书籍维持。潘兰珍照顾日常。友人如陶希圣来往，讨论时局。国民党视其为潜在威胁，但未进一步迫害。中共内部，王明推动反托，列陈为托匪名单，党内通告开展运动。陈独秀未公开回应，继续写作。1942年5月27日病逝于江津，享年63岁。死后国民党出殡葬费，蒋介石赠5000元，陈立夫2000元。安葬安庆。生前拒绝一切资助，死后被动接受。遗作多在狱中和晚年完成，涉及文字音韵和政治评论。历史评价其为中共创始人，但晚年立场转变引起争议。
