左宗棠入甘后认为必须彻底消灭马化龙，马化龙是同治陕甘回乱中最大的悍匪，先后五次向清军乞降求抚，然而前四次均没有真正投降，每次都不缴械，只有在最后一次弹尽援绝走投无路情况下，亲赴清军大营，企图以一人抵罪。 左宗棠1812年出生在湖南湘阴一个普通家庭，从小念私塾，熟读儒家书，二十岁开始考科举，连续七次没中，就回家种地，顺便学点西方科技。1851年太平天国闹事，他加入清军幕府，帮着守长沙。1856年在湖南当官，1860年带5000湘军从湖南打到广西，再推进浙江。1863年升浙江巡抚，次年拿下杭州，结束太平军在那的抵抗，得封一等伯爵。1865年管闽浙，建了中国第一座现代船厂和海军学校。1866年当陕甘总督，1867年统陕甘清军，次年灭了捻军。1868年进陕甘，用西方武器整顿部队，镇压当地叛军。他做事果断，注重实际，收编董福祥等部，编成十万人马。 马化龙1810年生在宁夏灵州一个回族家庭，早年继承伊斯兰新教派领导，道号托布尔·屯拉，尊号赛义德·束海达依。1849年成第五代教主，以金积堡为基地，通过内蒙商队贸易攒钱，办两家贸易公司，投信徒企业，从归化买火器。1862年响应陕西回军起事，带部攻灵州，杀两万多人。接着扩势力，控宁夏府和灵州，成陕甘回乱主要头目，集宗教、经济、军事权，通过贸易网垄断区域生意。他残杀无辜，势力大到能勾结境外买军火，造成陕甘人口锐减。 陕甘回乱从1862年爆发行，太平军进陕西，马化龙等响应，导致长达十多年的暴乱，陕甘人口少了两千万。马化龙作为新教派头子，利用教坊组织动员，突袭汉人，目的是在西北建政教合一地盘。清廷忙太平军，派不出强将，早年多隆阿带兵镇压，但1865年阵亡。马化龙多次求和，但总不真心。清军内部也乱，穆图善软弱，被马化龙耍几年。左宗棠接手后，认定马化龙反复无常，残杀百姓十数万，必须根除。他绕开马化龙，先清外围，收复河州、西宁，切断马化龙外援。 马化龙1862年11月口头表示归顺，不散部队，不缴军械，清军问缘由，他说怕报复。清军没逼，他回堡继续武装。1864年攻占宁夏府和灵州，次年派使者去西安求抚，西安将军拒了，说不缴械不献城。1866年交出两地，向穆图善求抚，穆图善派官管，马化龙不交金积堡，不缴械，仍控财政和官吏。穆图善降甘肃巡抚，左宗棠觉得他太傻，被耍几年。1868年左宗棠入陕甘，派刘松山进灵州，马化龙压力大，交部分军械粮食马匹，四次递投降书，左宗棠不信，继续打。 1870年3月，马化龙带马耀邦去刘锦棠营求抚，说愿移部队到吴忠堡，刘锦棠拒了。6月又去，交700匹马、5000件武器，刘锦棠不准。9月派马玉龙去黄鼎营，黄鼎要全缴械毁堡，马化龙不同意。12月，陈林降清，马化龙请带话，愿给壕外妇女300石粮，刘锦棠准。左宗棠战略是先打弱的，灭河州马占鳌部，收编部分叛军，再围金积堡。马化龙有重炮、洋枪，抵抗顽强，刘松山战死，刘锦棠接手，战斗近一年。 陕甘回乱中，马化龙盘踞金积堡，成最大根据地，势力达四个中心：金积堡、河州、肃州、西宁。他勾结陕回，多次叛抚，杀害百姓。左宗棠进军后，宣布原则：真投诚就收，但要缴械、马匹、粮食，重新安置。马化龙知左军不善，增购弹药。清军用炮轰堡，挖壕围困，马化龙部死伤多。1870年回军损失超两万，陕西回军退金积堡。左宗棠用间谍分化，回民间有帮清军打其他回民的。马化龙求援陕回军，接十多万缺粮部众，加重负担。 1871年1月，马化龙带一人去刘锦棠营外求抚，说愿一人担罪。刘锦棠扣他，命长子等缴械毁堡，清点人数。清军进堡搜，挖出地下近千支洋枪，左宗棠批处马化龙及子弟眷属凌迟。处决后，马化龙八百参谋军官和一千士兵被杀，幸存一万四千壮丁，包括一万一千陕西回民，被遣散。金积堡铲平，叛乱逐步结束。左宗棠继续推进，收复周边，叛军锐减。马化龙势力灭，贸易网崩，当地恢复秩序，官吏管理事务。整个回乱，清军镇压后，陕西回民几乎绝迹，甘肃减八成。
